Jogi háttér és szervezeti felépítés, szakfelügyelet

3.) A levéltár nem önálló jogi személy, az intézményben a munkáltatói jogokat a fenntartó Főegyházmegye jogi képviselője gyakorolja. A vonatkozó polgári jogszabályok - az 1995. évi LXVI. tv. (A köziratokról, a közlevéltárakról és a magánlevéltári anyag védelméről), valamint a 10/2002. (IV.13.) NKÖM rendelet (a közlevéltárak és a nyilvános magánlevéltárak tevékenységével összefüggő szakmai követelményekről) - értelmében a Levéltár szakmailag önálló intézmény, melynek jogi meghatározása nyilvános magánlevéltár, és az említett jogszabályok a legfontosabb feladatait, kötelezettségeit is rögzítik.
4.) Az egyházi törvénykönyv (CIC) 486-491. kánonjai vonatkoznak az egyházi levéltárakra, melyek értelmében az intézmény a Főegyházmegye történeti levéltára. Feladata, hogy a történelmi értékű dokumentumokat módszeresen rendezze és gondosan őrizze.
5.) A Levéltár a Kalocsai Főegyházmegyei Gyűjtemények (könyvtár, kincstár, levéltár) egyik részlege, melyre értelemszerűen vonatkozik a Kalocsai Főegyházmegyei Gyűjtemények Közös Szervezeti és Működési Szabályzata.  A Levéltár ennek megfelelően egyezteti gazdálkodását és munkatervét a Gyűjtemények más részlegeivel, segíti a gyűjteményvezető tevékenységét, s a levéltárvezető részt vesz a gyűjteményi értekezlet munkájában.
6.) A Levéltár hagyományosan kicsi, néhány személyes intézmény, melyben további szervezeti tagolódásra így értelemszerűen nincsen szükség. Az intézmény vezetői teendőit a levéltárvezető látja el, a feladatok megosztásáról a dolgozók munkaszerződései és a munkaköri leírások rendelkeznek.
7.) A Levéltár szakfelügyeletét a Nemzeti Kulturális Örökség Minisztériuma által megbízott levéltári szakfelügyelő, ill. az Országos Katolikus Gyűjteményi Központ illetékese látja el.