Intézményünk a Kalocsa-Kecskeméti Főegyházmegye több mint 1.300 iratfolyóméter (a továbbiakban: ifm) terjedelmű történeti iratanyagát gondozza. A Kalocsai Főegyházmegyei Levéltár (KFL) állománya további nyolc "kisebb levéltárra", azaz levéltáros szaknyelven fondcsoportra tagolódik, melyeket római számokkal jelölünk (KFL.I-KFL.VIII.). A továbbiakban elsőként ezeket a levéltárakat-fondcsoportokat ismertetjük rövid szöveges leírásokkal, majd ezután olvasható az állomány "szárazabb", jegyzékszerű felsorolása is (ez levéltáros szaknyelven az ún. fond- és állagjegyzék, az iratállományok nevével, évkörével és terjedelmi adataival). Az iratokról szóló részletesebb leírások és ismertetők a jegyzékben található linkek használatával érhetők el.
KFL.I. A Kalocsai Érseki Levéltár (évköre: 1699-1992, terjedelme: 635,45 ifm) az érseki központ, régiesen az "aula" (értsd: érseki udvar) köré csoportosuló szervek-hivatalok iratait foglalja magába. Terjedelme igen jelentős, önmagában is több mint felét jelenti az egyházmegye történeti iratanyagának.
Az Érseki Levéltár döntő részét a Kalocsai Érseki Hivatal iratai adják (évkör: 1699-1992, terjedelem: 518,12 ifm). E nagymúltú hivatalban egyházkormányzati, plébániákra vonatkozó, perszonális (azaz személyekre vonatkozó) iratcsoportokat (levéltáros nyelven állagokat) is megkülönböztettek, és formai alapon elkülöníthető részt alkottak az anyakönyvi másodpéldányok, valamint a kéziratos kötetek. Az említett iratcsoportokon belül a kisebb iratsorozatokat értelemszerűen tárgyi szempontok szerint, ill. helynevek és személynevek alapján hoztak létre.
A Kalocsai Érseki Főszentszék (évkör: 1733-1992, terjedelem: 59,27 ifm ) volt az egyházmegye bírósági szerve, iratai között így elsősorban szentszéki peres aktákat (pl. házassági köteléki- és válóperek, holttányilvánítási perek, fegyelmi ügyek) találunk. A bíróság tekintélyét fokozta, hogy a Kalocsai Érseki Főszentszék a mindenkori érseki tartomány területén fellebbviteli fórum is volt, s így másodfokon az ország igen jelentős területéről tárgyalt peres ügyeket.
A Kalocsai Főegyházmegyei Tanfelügyelőség (évkör: 1858-1952, terjedelem: 58,06 ifm ) volt az egyházmegye központi tanügyi hatósága, mely világosan elkülönülő hivatalként, önálló iktatással csak 1868-tól kezdte meg működését. Ekkortól kezdve itt kezelték az egyházmegye katolikus elemi- és középiskoláinak ügyeit, szervezték a hitoktatást, a tanítók képzését és egyesületeit. Az általános, elvi iratokon kívül az ügyeket iskolánként külön csoportosították-kezelték, jól kutatható, intézményenkénti iratsorozatokat hagyva az egyes iskolák története felől érdeklődő utókornak.
KFL.II. A Kalocsai Főszékeskáptalani Levéltár (évköre: 1734-1988, terjedelme: 53,31 ifm) az érsekek tanácsadó testülete, az 1738-ban újjászervezett Kalocsai Főszékesegyházi Káptalan működése során jött létre. A nagymúltú testület tagjai, a kanonokok fontos szerepet játszottak az érseki központ szerveinek működésében, az egyházkormányzatban. A káptalan jogilag önálló volt, és az érsekségtől külön gazdálkodott. Szerteágazó tevékenységi köre (hiteleshely, alapítványok gondozása, stb.) a történelmi változások eredményeképpen a 20. századra jelentősen csökkent, s a II. Vatikáni Zsinat után az új egyházi jog is szűkítette hatáskörét, feladatait.
A levéltár fő részeit a magániratok, az alapítványi iratok, a gazdasági iratok, ill. a hiteleshelyi iratok alkotják.
KFL.III. A Kalocsai Érseki Gazdasági Levéltár iratanyaga a kb. százezer holdas érseki földbirtok működtetése és igazgatása során jött létre. Iratainak évköre általában a 18. századtól 1945-ig terjed, és kb. 300 ifm terjedelmű. A levéltár raktárai a Katona István házban (Hunyadi u. 2.) találhatók. Állománya alapszinten rendezett, vagyis legfontosabb hivatalainak-szerveinek (azaz fondjainak) anyaga elkülönül egymástól. A nagyobb szervezeti egységeken belüli végleges rend kialakítása sajnos még nem történt meg, a kutatást a levéltárat raktári egységenként ismertető alapleltár segíti. A 19 fondból álló iratanyag legfontosabb csoportjai: Általános birtokigazgatás szervei (Prefektus, Gazdasági szék, Jószágigazgatóság, Gazdasági kerületek), Jogi iratok (Birtokjog, Úriszék, Ügyvédi Hivatal), Pénzügyi igazgatás szervei (Számvevőség, Főpánztár, Számadásmellékletek ), Műszaki igazgatás szervei (Erdőhivatal, Mérnöki Hivatal, Kataszteri iratok), Egyéb iratok (Kollonich érsek iratai, Gazdasági Levéltárra vonatkozó iratok).
KFL.IV. Az Espereskerületi Levéltár az esperesek tevékenysége során felhalmozódott iratokat foglalja magába. Jelenleg ezek az anyagok a plébániákon találhatók, gyakran szétszórtan, mivel az esperesi megbízatás nem kötődött egy-egy plébániához, hanem az adott kerület bármely plébánosa elláthatta. Az egyes kerületek iratainak egyesítése, összegyűjtése még a jövő feladata számunkra, s a munka a plébániai levéltárak rendezésével párhuzamosan haladhat. Egyelőre sem az anyag terjedelméről, sem időhatárairól nem tudunk pontos adatokat szolgáltatni, a plébániai iratok rendezésével kapcsolatban eddig csupán három kerület: Géderlak, Homokmégy és Kalocsa iratai kerültek be levéltárunkba, viszonylag szerény mennyiségben.
KFL.V. A Plébániai Levéltár a Kalocsa-Kecskeméti Főegyházmegye plébániáin keletkezett történeti értékű iratokat foglalja magába. Ezek az iratok nagyrészt ma is az egyházmegye plébániáin találhatók, és leírásként általában az 1950-60-as évekből származó adatszolgáltatások, jegyzékek állnak rendelkezésünkre róluk. (A fiatalabb plébániák levéltárairól sajnos általában semmiféle információnk sincsen, ezekben az esetekben egyelőre csak a nevet szerepeltettük.) A jegyzékek alapján összesen 131 plébánia több mint 225 ifm terjedelmű iratanyagára kell gondolnunk, a 18. századtól 2004-ig terjedően. Rendezésüket, leírásukat, szükség esetén beszállításukat az imént említett esperesi iratok leválasztásával együtt az elmúlt években kezdtük meg, és pályázati támogatással eddig mintegy húsz plébánia esetében sikerült elvégeznünk. A munka folytatása egyik sürgős és fontos feladatunk, annál is inkább, mivel az említett iratok a helytörténeti kutatások szempontjából pótolhatatlan, és az eddigiekben általában csak kis mértékben hasznosított forrást jelentenek.
Fontos megjegyeznünk, hogy az őrzési helytől függően teljesen eltérőek lehetnek a plébániai iratok kutatásának lehetőségei. Az egyes plébániákon őrzött iratok magánlevéltáraknak minősülnek, míg a plébániákból levéltárunkba szállított iratok esetében a kutatás feltételeit a nyilvános magánlevéltári minősítésnek megfelelően, levéltárunk kutatási szabályzata alapján biztosítjuk. A plébániai levéltárakat érintő esetekben ezért érdemes a kutatás feltételeiről alaposan tájékozódni, s ebben a tájékozódásban szívesen adunk segítséget.
KFL.VI. Az Egyéb intézmények fondjai általában másutt keletkezett, s az idők során levéltárunkba került iratokat jelentenek. Ezekkel az iratképző intézményekkel általában lazább volt az érsekség hivatalos kapcsolata. Jelenleg 11 fond mintegy 40 ifm terjedelmű anyaga tartozik ide, az 1766-1980 közötti időszakból. Példaként említhetjük az Érseki Főgimnázium (kezdetben piaristák, majd jezsuiták működtették), a Szent Ágoston Egylet (irodalmi-, tudományos önképzőkör), a Pál Mátyás Missziós Központ, vagy a későbbi időkből a Kalocsai Papi Otthon iratait. Az említett iratok a szervek megszűnése, államosítása, ill. költözése kapcsán kerültek levéltárunkba.
KFL.VII. A Hagyatékok, letétek fondcsoportban papi személyek hagyatékait és a levéltárunkban elhelyezett letéteket találjuk. A személyi irathagyatékok begyűjtése a 20. században vált "rendszeressé", a 19. századból csak Haynald Lajos bíboros-érseknek maradt ránk jelentősebb mennyiségű anyaga. (A korábbi időkben a hagyatéki eljárás során a személyes iratokat általában megsemmisítették, és elsősorban a hivatali iratok megőrzésére koncentráltak.) A mintegy 25 ifm terjedelmű iratanyag nagyobb részben rendezetlen, ill. rendezés alatt áll.
KFL.VIII. A Gyűjtemények fondcsoportja a jellegüknél és méretüknél fogva egyedi tárolást-kezelést igénylő, iratsorozatokból kiemelt, általában darabszinten nyilvántartott levéltári dokumentumok őrzőhelye. Az oklevéltár (benne 30 db Mohács előtti oklevelünkkel), térképtár, tervtár, mikrofilmtár, továbbá a pecsétek, plakátok, képeslapok és fényképek gyűjteménye tartozik ide. Állománya a rendezési munkák során fokozatosan gyarapszik, jelenleg kb. 50 ifm terjedelmű.