Az érseki székhely, Kalocsa 1529-ben került török kézre, de az érseki várban csak 1541-től, Buda eleste után vált véglegessé a török helyőrség jelenléte. Az egykori kalocsa-bácsi egyházmegye fokozatosan betagozódott a magyarországi török adminisztrációba, és a budai vilajet részévé vált.
A másfél évszázados török uralom alatt elpusztult a korábbi egyházszervezet, sőt ezzel együtt a településhálózat és a magyar népesség jelentős része. Az egyházmegye déli részéről folyamatosan észak felé húzódtak a mohácsi vész után Bácskában megtelepedett balkáni szláv néptömegek, főként szerbek (rácok). Helyükre horvátok (dalmátok) és boszniai katolikusok (bunyevácok) áramlottak. A 16. század végén a rác települések már elérték Kalocsa környékét. A főegyházmegye délszláv lakosságának nagyobb része ortodox, kisebb része katolikus volt. Ez utóbbiak lelkigondozását a bosnyák ferencesek végezték. A megmaradt magyar lakosságról a pécsi jezsuita misszió és a szegedi ferences kolostor gondoskodott. A jezsuiták a Duna partján, a főegyházmegye északnyugati felében fekvő magyar településeken, a ferencesek pedig elsősorban a Szeged és Szabadka közötti magyar és bunyevác falvakban működtek. Tevékenységük felett a török hatóságok szemet hunytak. Előfordult, hogy a háborús időszakokban álruhában, sokszor kereskedőnek öltözve járták a vidéket, hogy az evangélium örömhírét mindenkihez eljutassák.
A kalocsai érseki címet ez idő tájt a királyi Magyarország területén fekvő egyházmegyék püspökei viselték, s a kalocsai érseki kinevezés valójában csak rangbeli emelkedést jelentett számukra anélkül, hogy a török által meghódított területekkel rendszeres kapcsolatuk lett volna. A 17. század első felében kinevezett helynökeik útján igyekeztek tájékozódni a kalocsai érsekség területének állapotáról, és a távolból próbálták megszervezni főpásztor nélkül maradt hívek lelkipásztori ellátását. A 17. század második felére már bizonyos sárközi és bácsi területek adóját is biztosítani tudták, melyek behajtását a végvári katonaságra, elsősorban a fülekiekre bízták.
Lotharingiai Károly főherceg csapatai 1686-ban véget vetettek Kalocsán és környékén a török uralomnak. A felszabadult területek mégis szomorú látványt nyújtottak. Sok korábban lakott falu helyét üszök és rom jelezte csupán, s amelyikben még pislákolt az élet, ott a nép hihetetlen nyomorban élt. Vezető és fegyveres kíséret nélkül nem volt ajánlatos utazni, nem volt sem közigazgatás, sem közbiztonság. A nádor utasítására készített beszámoló szerint a lakosság éhség, kard vagy betegség által elpusztult, jobb esetben elmenekült. Az 1691-ben Kalocsára látogató Kollonich Lipót érsek (1691-1695) csak néhány nyomorúságos szalmaviskót és romokat talált a városban.
- A hozzászóláshoz regisztráció és bejelentkezés szükséges